吉林大学农学部人兽共患病研究所，是我国首家进行人兽共患病研究的专门机构，成立于2006年1月5日，以人兽共患细菌病、人兽共患病毒病、人兽共患原虫病、人兽共患寄生虫病为主要研究方向。2006年6月6日被批准为教育部重点实验室。现任所长陈启军教授。目前研究所拥有全国第一个人兽共患疫病学博士点，5个研究室，在职教授5人， 双跨及客座教授9人，副教授3人，讲师5人，助教1人。
    本所具有进行人兽共患病研究的得天独厚优势。学校充分整合了农学部、医学部、生命科学学院等相关学科资源，使人兽共患病研究实现了兽医学与医学的有机结合。同时，吉林大学农学部还具备良好的学科基础和科研优势。其前身为解放军军需大学，有着100多年的兽医教育和研究历史，其中预防兽医学学科为国家重点学科，长期担负着动物重要疫病防治、动物重要疫病病原分子生物学和人兽共患病的研究，尤其在禽流感、SARS、口蹄疫、狂犬病、鼻疽、旋毛虫病等人兽共患病研究上均有大量的研究成果，自1978年以来，先后承担了“973”、“863”国家重大、省部级重点及国家自然基金等200多个项目，获得科技成果共计200余项，具备从事人兽共患病专门研究的独特科研优势。
    研究所的硬件设备先进，在原军需大学中心实验室的基础上，又斥资1200万元进行了新的建设。目前研究所拥有近2000万元的仪器设备，超过30万元的高精尖仪器设备达20余件，为开展科学研究提供了良好的平台。
    全所教职员工力争经过一段时间努力，把人兽共患病研究所建成高层次人才培养、高质量成果转化、高水平学术交流的国际化创新型研究所，力争成为人兽共患病的科学研究中心、疫病诊断中心、人才培养中心。